一般情況下，跨境物流清關過程需要經過兩個國家或地區(qū)海關部門的審核一一出口國海關與目的地國海關。而對于出口跨境電商而言，清關的難點主要集中在目的地國海關方面，海關部門對出現問題的包裹處理方式無外乎三種：提供相關文件后即可通行、貨物退還給發(fā)件單位、直接沒收。
對賣家來說，提供相關文件的后果無外乎延長配送時間，稍微嚴重的可能會被賣家投訴，勉強還可接受。但退件及沒收，無疑會讓賣家蒙受目大損失。
造成跨境電商清關障礙的因素主要包括兩個方面：
其一，賣家對目的地國家的進口政策不夠重視，比如，產品缺少國際認證機構提供的相關認證、故意低報商品價值等;
其二，目的地國家的貿易壁壘高，以巴西為例，進入巴西的國際包裹幾乎都要經過海關部門的嚴格檢驗，而且發(fā)貨方必須提供包括貨物價值聲明、收件人稅號、商業(yè)發(fā)票在內的多種資料及文件，有時即便是資料齊全也會遭到巴西海關部門的各種刁難。
另外，在一些海關機構信息化建設相對落后的國家，由于缺乏強大的智能處理系統提供支持，包裹通關主要流程需要用人力解決。這導致清關效率極其低下，對消費者的購物體驗帶來了較為嚴重的負面影響。