2023年1月8日起，南京祿口國際機場出入境航班已全部恢復至t2航站樓保障，國際(地區(qū))航線正在逐步增加。出境旅客可根據所乘航班，選擇在航站樓a島或b島值機柜臺辦理乘機手續(xù)。
目前，南京祿口國際機場運行的國際(地區(qū))航班主要有：
【南京—米蘭】意大利勒奧斯航空，每周一班，航班號no976/977，周五16:30抵達南京，周六12:00從南京飛往米蘭
【南京—首爾】
吉祥航空，每周一、周六執(zhí)行，航班號ho1651/1652
東方航空，每周二、周四執(zhí)行，航班號mu5039/5040
大韓航空，每周三執(zhí)行，航班號ke101/102
韓亞航空，每周日執(zhí)行，航班號oz349/350
【南京—東京】
東方航空，每周三執(zhí)行，航班號mu277/278
吉祥航空，每周四執(zhí)行，航班號ho1619/1620
日本春秋航空，每周五執(zhí)行，航班號ij125/126
【南京—大阪】吉祥航空，每周日執(zhí)行，航班號ho1609/1610
【南京—新加坡】新加坡酷航，每周四、周日各一班，航班號tr180/181
【南京—曼谷】泰國越捷航空，每周三執(zhí)行，航班號vz3526/3527
【南京—河內】越南航空，每周六執(zhí)行，航班號vn560/561
【南京—馬尼拉】菲律賓皇家航空，每周三執(zhí)行，航班號rw427/428
【南京—香港】
東方航空，每天一班，航班號mu765/766
香港航空，每周一、三、五、日執(zhí)行，航班號hx205/208
國泰航空，每周二、周四執(zhí)行，航班號cx356/357
吉祥航空，每周五執(zhí)行，航班號ho1301/1302
【南京—澳門】
澳門航空，每天一班，航班號nx127/128
東方航空，每天一班，航班號mu2685/2686
(實際執(zhí)行班期及時刻以航空公司通告為準)